替硝唑氧化钠在临床上，主要是应用于各种厌氧菌引起的感染性疾病。一般情况下，临床应用的是替硝唑氯化钠注射液，属于是输液用的药物，也就是静脉点滴，主要是应用于敏感菌导致的感染性疾病。
比如败血症、腹腔感染、盆腔感染、骨髓炎、肺支气管炎症、肺炎、鼻窦炎、皮肤蜂窝组织炎症、牙周感染以及术后的伤口感染。
也可以用于结直肠手术、妇产科手术以及口腔手术的术前预防用药，用于肠道及肠道外阿米巴病，阴道滴虫病引起的感染。也可以作为甲硝唑的替代用药，用于幽门螺杆菌导致的胃窦炎以及消化性溃疡的治疗。
常规用法成年人一次一克，一日一次，一般情况服用五到六天，预防性用药，用量相对要提前一些，在手术前12小时顿服，一次两克即可。